Yaravirus, el nuevo y misterioso virus en las amebas cuyo genoma intriga a los científicos brasileños

Paulo VM Boratto et al / BioRxiv 2020

Investigadores brasileños descubrieron un nuevo tipo de virus de ADN que infecta a las amebasYaravirus brasiliensis es un nuevo linaje de virus de la ameba con un origen y filogenia inciertos. El análisis del genoma del virus mostró que casi todos sus genes son únicos y no son similares a los de otros virus de amebas, ni a ninguna secuencia de ADN contenida en las bases de datos. El artículo fue publicado en la revista BioRxiv.

Los virus de la ameba han intrigado a los científicos después del descubrimiento de los parásitos inusuales más simples: virus gigantes que no son inferiores en tamaño a las bacterias. Los primeros de ellos se llamaron mimivirus y, desde su descripción en 2003, se han descubierto docenas de especies de virus gigantes. Su característica no es solo el tamaño de partícula, sino también un genoma muy grande que codifica cientos de genes, incluidos los componentes del aparato de síntesis de proteínas, mientras que en muchos virus ordinarios se puede contar, literalmente, la cantidad de genes en los dedos.

 

Importancia del estudio

Todos los virus de ameba descritos anteriormente comparten varias características comunes. En particular, el genoma grande contiene alrededor de 20 genes comunes que apuntan a un origen común, lo que hace posible atribuir virus gigantes a la superfamilia NCLDV (virus grandes que contienen ADN citoplasmático nuclear), además de varias otras familias de virus de ADN.

En busca de nuevas especies de virus gigantes, investigadores de la Universidad Federal de Minas Gerais (Brasil) aislaron partículas virales de la ameba del género Acanthamoeba spp, recolectadas en los sedimentos del fondo de un lago local. Se las ingeniaron para detectar a través de microscopía electrónica de transmisión (TEM), microscopía crioelectrónicade y análisis de secuenciación del genoma, un nuevo virus relativamente pequeño, llamado Yaravirus en honor a la deidad Yara ("madre del agua") de la mitología de los indios locales.

Un análisis del genoma del virus con un tamaño de aproximadamente 45 mil pares de bases permitió predecir la presencia de 74 genes, de los cuales solo seis se identificaron mediante la búsqueda de homología (similitud) en las bases de datos. Aparentemente, codifican enzimas virales "ordinarias" como la ADN polimerasa. Los 68 genes restantes, es decir, más del 90% de todos los genes de Yaravirus, no solo no se parecían a los genes de otros virus de ameba, sino que en general no coincidían con ninguna secuencia de ADN codificante de proteínas conocida (tales genes se llaman huérfanos en la terminología de la bioinformática).

Una búsqueda en bases de datos metagenómicas, es decir, bases de datos que contienen secuencias de la totalidad de organismos en cualquier ecosistema, no permitió atribuir el Yaravirus a algún grupo taxonómico conocido, y los investigadores concluyeron que este es un virus raro no descrito previamente no relacionado con los virus de la superfamilia a la que pertenecen otros parásitos protozoarios. Las características del ciclo de vida del yaravirus sugirieron que Acanthamoeba castellanii no es su principal huésped, e inicialmente parasitó a algún otro organismo.

Características del genoma del yaravirus. Una representación circular del genoma de Yaravirus destacando los únicos seis genes (flechas rojas) que tienen similitud con las secuencias de aminoácidos de otros organismos en las bases de datos actuales.

Sin embargo, según los virólogos, cuyos comentarios son publicados por Science, el genoma huérfano no es una rareza en el mundo de los virus, cuyas nuevas especies se descubren regularmente. Más bien, es una indicación del escaso conocimiento de los virus y su parentesco en general. Los científicos estiman la cantidad de tipos de virus existentes en millones, mientras que la base de datos central de GenBank contiene solo 9 mil secuencias de genomas virales. En un trabajo reciente publicado en la revista eLife, los bioinformáticos predijeron la existencia de varios miles de virus de ADN en anillo en los tejidos animales, de los cuales aproximadamente 600 eran dueños de genes completamente desconocidos. 

Los investigadores brasileños concluyen en su estudio que el Yaravirus amplía nuestro conocimiento de la diversidad del ADN de los virus y resalta el análisis aún preliminar que tenemos de la diversidad genética de estos seres vivos.

 

Tania Valbuena
Este artículo ha sido publicado originalmente en N+1, ciencia que suma.

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